Там мало зависит от количества чаров, шмота и т.д. Сервер обращается к базе данных по факту, а не загружает ее всю в оперативную память. Думаю, что просто сервер перезагружается в ручном режиме. То есть автоматом отрубается, потом админ заходит и делает ребут компьютера. Затем уже врубают сервер с полной блокировкой портов, а затем уже блокировку портов убирают и всех на сервер пускают. Скорее всего просто админ появляется там не во время рестарта, а позже, когда сам проснется, ну или у него есть время на это. Как-то так.
На моей памяти сервер может долго перезагружаться в автомате только по одной причине. Это долгое сохранение данных перед рестартом. Это вполне реально. При том мало зависит тоже от размера базы данных. Тут больше зависит от количества ее изменений, чтобы сохранилось все нормально, и не было сбитий респов и т.д.
